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1.
Rev. biol. trop ; 70(1)dic. 2022.
Article in English | LILACS, SaludCR | ID: biblio-1387717

ABSTRACT

Abstract Introduction: There is low evidence of genetic diversity and hybridization processes within Crocodylus acutus and C. moreletii populations. Objetive: To evaluate genetic diversity and some phylogenetic relationships in wild and captive populations of C. acutus and C. moreletii using the Barcode of Life Data System (COX1, cytochrome C oxidase subunit 1 gene). Methods: 28 individuals phenotypically like C. acutus located in the state of Guerrero, Oaxaca and Quintana Roo were sampled, as well as animals belonging to C. moreletii located in the states of Tabasco, Campeche, and Quintana Roo. 641 base pairs of nucleotide sequence from COX1 were used to obtain the haplotype and nucleotide diversity per population, and a phylogenetic and network analysis was performed. Results: Evidence of hybridization was found by observing C. moreletti haplotypes in animals phenotypically determined as C. acutus, as well as C. acutus haplotypes in animals classified as C. moreletti. Low haplotypic diversity was observed for C. acutus (0.455 ± 0.123) and for C. moreletii (0.505 ± 0.158). A phylogenetic tree was obtained in which the sequences of C. acutus and C. moreletii were grouped into two well-defined clades. Organisms identified phenotypically as C. acutus but with C. moreletii genes were separated into a different clade within the clade of C. moreletii. Conclusions: There are reproductive individuals with haplotypes different from those of the species. This study provides a small but significant advance in the genetic knowledge of both crocodile species and the use of mitochondrial markers, which in this case, the COX1 gene allowed the detection of hybrid organisms in wild and captive populations. Conservation efforts for both species of crocodiles should prevent the crossing of both threatened species and should require the genetic identification of pure populations, to design effective conservation strategies considering the possibility of natural hybridization in areas of sympatry.


Resumen Introducción: Existe poca evidencia de la diversidad genética y los procesos de hibridación dentro de las poblaciones de Crocodylus acutus y C. moreletii. Objetivo: Evaluar la diversidad genética y algunas relaciones filogenéticas en poblaciones silvestres y cautivas de C. acutus y C. moreletii utilizando el Sistema de Código de Barras de la vida (COX1, subunidad I del gen del citocromo C oxidasa). Métodos: Se muestrearon 28 individuos fenotípicamente similares a C. acutus ubicados en los estados de Guerrero, Oaxaca y Quintana Roo, así como animales pertenecientes a C. moreletii ubicados en los estados de Tabasco, Campeche y Quintana Roo. Se utilizaron 641 pares de bases de la secuencia de nucleótidos de la subunidad I del gen del citocromo C oxidasa para obtener el haplotipo y la diversidad de nucleótidos por población, y se realizó un análisis filogenético y de redes. Resultados: Se encontró evidencia de hibridación al observar haplotipos de C. moreletti en animales determinados fenotípicamente como C. acutus, así como haplotipos de C. acutus en animales clasificados como C. moreletti. Se observó una baja diversidad haplotípica para C. acutus (0.455 ± 0.123) y para C. moreletii (0.505 ± 0.158). Se obtuvo un árbol filogenético en el que las secuencias propias de C. acutus y C. moreletii se agruparon en dos grandes y bien definidos clados. Los organismos identificados fenotípicamente como C. acutus pero con genes de C. moreletii se separaron en un clado diferente dentro del clado de C. moreletii. Conclusiones: Existen individuos reproductores con haplotipos diferentes a los de la especie. Este estudio aporta un pequeño pero significativo avance en el conocimiento genético tanto de las especies de cocodrilos como del uso de marcadores mitocondriales, que, en este caso, el gen COX1 permitió la detección de organismos híbridos en poblaciones silvestres y cautivas. Los esfuerzos de conservación para ambas especies de cocodrilos deben evitar el cruce de ambas especies amenazadas y deben requerir la identificación genética de poblaciones puras, para diseñar estrategias de conservación efectivas considerando la posibilidad de hibridación natural en áreas de simpatría.


Subject(s)
Animals , Alligators and Crocodiles/genetics , Mexico , Electronic Data Processing
2.
Rev. cienc. forenses Honduras (En línea) ; 8(supl.2): 29-35, 2022. ilus., tab.
Article in Spanish | LILACS, BIMENA | ID: biblio-1519469

ABSTRACT

Justificación: En Colombia, el comercio de especies de fauna silvestre sin la documentación necesaria es prohibido por ley, por lo que, en el contexto de una investigación penal sobre venta de reptiles a través de internet, como parte de una diligencia de allanamiento y registro, se realizó el procesamiento del lugar de los hechos. Objetivo: realizar la asignación taxonómica más probable utilizando análisis genético en muestras biológicas recolectadas del lugar de los hechos para establecer la presencia de reptiles, dada la ausencia de animales en el momento del allanamiento. Métodos: se recolectaron seis muestras biológicas que incluyeron un trozo de muda de piel, hisopados de superficies y materia fecal, para su posterior procesamiento siguiendo los protocolos de análisis establecidos. Se realizó extracción de ADN empleando sílice y se amplificó un marcador mitocondrial 12S-120pb; los fragmentos resultantes fueron secuenciados y las secuencias fueron comparadas con la información disponible en la base de datos Genbank mediante el algoritmo BLASTn. Resultados y discusión: a partir de los datos obtenidos de la comparación realizada, 100% de cobertura y 100% de identidad y tras analizar las características de cada grupo taxonómico y la información genética disponible se realizó la asignación taxonómica. En la muestra de muda de piel se encontró dificultad para la amplificación y secuenciación de todo el fragmento, lo que limitó el empleo de marcadores de mayor tamaño, sin embargo, a partir de la información obtenida se logró la identificación de la especie Boa constrictor (boa común); en el caso de la materia fecal y los hisopados se determinó la presencia de muestras provenientes de grupos taxonómicos comúnmente empleados para alimentación de algunas especies de reptiles, como Mus musculus (ratón común) y el género Rattus (especies de ratas). Conclusión: El marcador mitocondrial 12S-120pb empleado en este caso resultó exitoso para la obtención de secuencias a partir de muestras forenses, sin embargo, la utilización de cualquier marcador para la asignación taxonómica depende en gran medida de la información disponible y las características propias de cada grupo taxonómico...(AU)


Subject(s)
Animals , Reptiles , Forensic Genetics , DNA , Wildlife Trade
3.
Rev. colomb. cienc. pecu ; 34(4): 278-290, Oct.-Dec. 2021. tab, graf
Article in English | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1408029

ABSTRACT

Abstract Background: Two biotypes of Aberdeen Angus cattle breed, known as Old Type and New Type, that differ in their origin and beef production are formally recognized. In Colombia, this breed has been commercialized for approximately 80 years. Studies on the origin, kinship and levels of genetic diversity of this breed in Colombian herds are scarce, yet important for planning crossing and management strategies. Objective: To measure the genetic diversity and structure of two Colombian herds of Old Type and New Type biotypes of Aberdeen Angus from Huila and Cundinamarca provinces and assess mitochondrial introgression with other breeds. Methods: A set of ten microsatellites and sequences of the Mitochondrial Control Region were characterized. Estimators of genetic diversity and population differentiation along with tests of population assignment were applied. Results: Nuclear loci were highly polymorphic as shown by the Polymorphic Information Content (0.599) and the Probability of Identity (1.896 10-08). Both populations were highly diverse and clearly differentiated into two groups corresponding to the Old Type and New Type phenotypes. In contrast, mitochondrial data failed to distinguish these two groups and showed extensive admixture. Conclusions: This study optimized a set of ten highly polymorphic nuclear markers that may be used for parentage and population genetic studies of Aberdeen Angus. Genetic differentiation in these loci agreed with phenotypic differences of the Old and New Types. However, mitochondrial data indicated ancestry of multiple European breeds in the origin of Colombian Aberdeen Angus.


Resumen Antecedentes: Dentro de la raza Aberdeen Angus existen dos biotipos conocidos como Old Type y New Type, las cuales difieren en su origen y producción de carne. En Colombia, esta raza se ha venido comercializando desde hace aproximadamente 80 años. No obstante, aún no se han realizado estudios sobre su origen, parentesco y niveles de diversidad genética de esta raza en hatos colombianos, lo cual es importante para planear estrategias de cruce y manejo. Objetivo: Medir la diversidad y estructura genética de dos hatos colombianos de Aberdeen Angus Old Type y New Type de Huila y Cundinamarca y evaluar la introgresión mitocondrial con otras razas. Métodos: Se caracterizó un grupo de diez loci microsatélite y se secuenció la Región Control Mitocondrial. Se aplicaron estimadores de diversidad genética y diferenciación poblacional, junto con pruebas de asignación poblacional. Resultados: Los loci microsatélite fueron altamente polimórficos, tal como lo indicaron el Contenido de Información Polimórfica (0,599) y la Probabilidad de Identidad (1,896 10-08). Las poblaciones evaluadas de Aberdeen Angus en Colombia fueron altamente diversas y se diferenciaron claramente en dos grupos correspondientes a los fenotipos Old Type y New Type. En contraste, los datos mitocondriales no recobraron estos dos grupos y mostraron una amplia mezcla genética. Conclusiones: Este estudio optimizó un grupo de diez marcadores altamente polimórficos que pueden ser usados para estudios de parentesco y genética poblacional de Aberdeen Angus. La diferenciación genética en loci nucleares concordó con las diferencias fenotípicas entre Old y New Types, pero los datos mitocondriales indicaron ancestría de múltiples razas europeas en el origen del Aberdeen Angus colombiano.


Resumo Antecedentes: Dentro da raça Aberdeen Angus há dois biótipos conhecidos como Old Type e New Type, que diferem em sua origem e produção de carne. Na Colômbia, esta raça é comercializada há aproximadamente 80 anos. Entretanto, estudos sobre a origem, o parentesco e os níveis de diversidade genética desta raça em rebanhos colombianos ainda não foram realizados, o que é importante para o planejamento de cruzamentos e estratégias de manejo. Objetivo: Medir a diversidade genética e a estrutura de dois rebanhos colombianos de biótipos de Old Type e New Type de Aberdeen Angus de Huila e Cundinamarca e avaliar a introgressão mitocondrial com outras raças. Métodos: Um grupo de dez loci de microssatélites foi caracterizado e a Região de Controle Mitocondrial foi sequenciada. As estimativas de diversidade genética e diferenciação populacional foram aplicadas, juntamente com testes de designação populacional. Resultados: Os locus microssatélites foram altamente polimórficos, conforme indicado pelo Conteúdo de Infomação Polimórfica (0,599) e Probabilidade de Identidade (1,896 10-08). As populações avaliadas de Aberden Angus na Colômbia eram altamente diversificadas e claramente diferenciadas em dois grupos correspondentes aos fenótipos do Old Type e New Type. Em contraste, os dados mitocondriais não recuperaram esses dois grupos e mostraram um amplo mix genético. Conclusões: Este estudo otimizou um grupo de dez marcadores altamente polimórficos que podem ser usados para estudos genéticos de parentesco e população de Aberdeen Angus. A diferenciação genética nos loci nucleares concordou com as diferenças fenotípicas entre os Old e New Types, mas os dados mitocondriais indicam ancestralidade de várias raças européias na origem do Aberdeen Angus colombiano.

4.
Neotrop. ichthyol ; 18(1): e190073, 2020. tab, graf
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1098411

ABSTRACT

The ancient catfish family Diplomystidae, with seven species endemic to rivers of southern South America, represents one of the oldest branches of the diverse order Siluriformes. With most species endangered, new reports of these species become extremely valuable for conservation. Currently, it is assumed that Diplomystes species inhabit only Andean (large) basins, and that they are extinct from coastal (small) basins from which their presence have not been recorded since 1919. Here, we document new records of the family Diplomystidae in the Laraquete and Carampangue basins, two coastal basins from the Nahuelbuta Coast Range, Chile, with no previous reports. This finding represents the rediscovery of the genus in coastal basins in more than a Century. Based on analysis of mitochondrial DNA sequences, the collected specimens were found to be closely related to Diplomystes nahuelbutaensis from the Andean Biobío Basin, but sufficiently differentiated to suggest that coastal basin populations are a different management unit. These populations are important because, contrary to previous thoughts, they prove these catfish can survive in small river networks, providing unique opportunities for research and conservation. The conservation category of Critically Endangered (CE) is recommended for the populations from the Laraquete and Carampangue basins.(AU)


La familia de bagres Diplomystidae, con siete especies endémicas de ríos del sur de Sudamérica, es uno de los linajes mas antiguos del diverso orden Siluriformes. Al estar la mayoría de las especies amenazadas, nuevos registros de éstas son extremadamente valiosos para su conservación. Actualmente, se ha asumido que los Diplomystidos se distribuyen solo en cuencas Andinas (más grandes), y que sus especies estarían extintas en cuencas de menor tamaño como las costeras, sin registros desde 1919. En este trabajo documentamos la familia Diplomistidae en las cuencas de Carampangue y Laraquete, dos cuencas costeras de la Cordillera de Nahuelbuta, Chile, lo que representa el primer registro de esta familia en estas cuencas costeras. Además, este hallazgo representa el re-descubrimiento de la familia en cuencas costeras después de un siglo. Sobre la base de análisis de ADN mitocondrial, los especímenes colectados se relacionaron más cercanamente con poblaciones de la especie Diplomystes nahuelbutaensis presente en la cuenca del Biobío. Sin embargo, existen diferencias genéticas suficientes entre las poblaciones costeras y las del Biobío para justificar su separación como unidad de manejo distinta. Estas poblaciones costeras son importantes porque demuestran que los Diplomístidos pueden sobrevivir en cuencas de pequeño tamaño, ofreciendo oportunidades únicas para su investigación y conservación. Se recomienda la categoría de conservación En Peligro Critico de Extinción (CR) para las poblaciones de las cuencas Laraquete y Carampangue.(AU)


Subject(s)
Catfishes/classification , Catfishes/genetics , DNA, Mitochondrial/analysis
5.
Rev. cienc. forenses Honduras (En línea) ; 5(2): 14-24, 2019. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1146847

ABSTRACT

Justificación:El estudio de los polimorfismos de las regiones hipervariables I y II (HVI y HVII) del ADN mitocondrial (ADNmt) se ha convertido en una herramienta invaluable para la ciencia forense, ya que enalgunas ocasionesun determinadoindividuopuedepresentar más de un tipo de ADNmitocondrial,este fenómeno es conocido como Heteroplasmia. Lacoexistencia de dos o más poblaciones de ADNmt puedeocurrir enuna sola mitocondria, célula oindividuo, lo que puede aumentar la complejidad en la interpretación de los resultados de las experticias forenses. Objetivos:Analizar la frecuencia de la heteroplasmia en las regiones HVI y HVII del genoma mitocondrialen una muestra de la población de Maracaibo. Metodología:Seseleccionaron al azar 50 muestras de ADN de la población de Maracaibo, las regiones hipervariables se amplificaron mediantereacción en cadena de la polimerasa, posteriormente se secuenciaron mediante método de Sanger y los fragmentos se separaron por electroforesis capilar, se reportaron las diferencias con respecto a la secuencia de referencia de Cambridge. Resultados: El 26% de las muestras presentaron heteroplasmia en la región HVI, el 52%en la región HVII.Conclusiones:El hecho deaparecer laheteroplas-miaen una determinadasecuencianoinválida el uso del análisis del ADN mitocondrial con fines forenses, dependiendo de la complejidad del caso a peritar,la heteroplasmia puede ser de gran ayuda...(AU)


Subject(s)
Humans , Male , Female , DNA, Mitochondrial , Random Amplified Polymorphic DNA Technique , Forensic Genetics/methods
6.
Biomédica (Bogotá) ; 38(2): 267-276, ene.-jun. 2018. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-950945

ABSTRACT

Resumen Introducción. Aedes aegypti es la especie de mosquito de mayor relevancia en América por transmitir los virus del dengue, del Zika, del chikungunya y de la fiebre amarilla. Tanto factores ecológicos como el control químico, pueden influir en la composición genética de las poblaciones de Ae. aegypti, por lo cual es necesaria su caracterización. Objetivo. Determinar la variabilidad genética de las poblaciones de Ae. aegypti en cuatro municipios del departamento de Sucre, Colombia. Materiales y métodos. Larvas de Ae. aegypti, recolectadas en los municipios de Sincelejo, Sampués, Corozal y Guaranda del departamento de Sucre, fueron criadas en laboratorio hasta el estado adulto. Como marcador genético, se utilizó un segmento del gen mitocondrial ND4, que codifica para la subunidad 4 de la enzima NADH-deshidrogenasa. El análisis genético incluyó la estimación de parámetros de diversidad de nucleótidos, haplotipos, de estructura genética y de flujo de genes. Resultados. Se obtuvieron 108 secuencias parciales de 357 nucleótidos y cuatro haplotipos de nucleótidos del gen ND4 de Ae. aegypti. Se encontró una diferenciación genética significativamente alta entre las poblaciones de Sampués y Guaranda mediante el índice de fijación (F ST =0,59467), las de Sincelejo y Sampués (F ST = 0,25637), y las de Corozal y Guaranda (F ST = 0,22237). Se evidenció un gran flujo de genes (Nm=infinito) entre las poblaciones de Sincelejo y Corozal. Conclusión. Existen diferencias genéticas entre las poblaciones del mosquito Ae. aegypti de los municipios del departamento de Sucre. Se registra la presencia de un nuevo haplotipo del gen mitocondrial ND4 de Ae. aegypti en Colombia, el cual fue detectado en el municipio de Sincelejo.


Abstract Introduction. Aedes aegypti is the most important mosquito species in America for the transmission of viruses of dengue, Zika, Chikungunya and yellow fever. Ecological factors as well as chemical controls can affect the genetic composition of Ae. aegypti populations, which is why its genetic characterization is necessary. Objective. To determine the genetic variability of Ae. aegypti populations in four municipalities of Sucre department, Colombia. Materials and methods. Larvae of Ae. aegypti, collected in the municipalities of Sincelejo, Sampués, Corozal and Guaranda, Sucre department, were reared under laboratory conditions to adult stage. A segment of the mitochondrial ND4 gene which codes for the subunit 4 of the enzyme NADH-dehydrogenase was used as genetic marker. The genetic analysis included the estimation of parameters of nucleotide and haplotype diversity, genetic structure and gene flow. Results. One hundred and eight partial sequences of 357 nucleotides and four nucleotide haplotypes of the ND4 gene of Ae. aegypti were obtained. A significantly high genetic differentiation was found between the Sampués and Guaranda populations (F ST =0.59467),Sincelejo and Sampués (F ST =0.25637), and Corozal and Guaranda (F ST =0.22237). A high gene flow (Nm=infinite) was observed among the populations of Sincelejo and Corozal. Conclusion. There are genetic differences between the Ae. aegypti populations from the municipalities of Sucre department. The presence of a new haplotype of the mitochondrial ND4 gene of Ae. aegypti in Colombia was recorded, detected in the municipality of Sincelejo.


Subject(s)
Animals , Genetic Variation , DNA, Mitochondrial/genetics , Aedes/genetics , Base Sequence , Colombia
7.
Rev. biol. trop ; 66(1): 122-135, Jan.-Mar. 2018. tab, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-897659

ABSTRACT

Abstract The crevalle jack Caranx hippos, has a wide distribution in the Western Atlantic, becoming one of the most economically important species in the artisanal fishing industry in Colombia. However, little is known about its biology. The present study aimed to evaluate the variation and genetic structure of C. Hippos in the Colombian Caribbean by analyzing the mitochondrial DNA region control and cytochrome oxidase subunit (COI). We sequenced the DNA of 153 muscle samples collected from specimens obtained from six fishing ports. The results showed 21 haplotypes for COI and 116 haplotypes for the control region, divided into two lineages that do not exhibit a pattern of geographical distribution. For mitochondrial control region, the estimated haplotype diversity (Hd) presented relatively high values (Hd= 0.99 and = 0.1), while for COI results were Hd = 0.68 and = 0.01; the relationship between haplotype and nucleotide diversity and the neutrality test revealed that C. Hippos experienced bottlenecking and a subsequent rapid population expansion. Estimates of genetic structure were low and insignificant, indicating no differentiation between samples collected from geographical isolation. This suggests that for the Colombian Caribbean there is a panmictic population of C. hippos. However, variations were found at population levels, especially in La Guajira, Turbo and San Antero, which, when compared to those included for Brazil and México, demonstrated that unique haplotypes in La Guajira are more aligned to the Brazilian populations, by means of the influence of the Caribbean Current, whilst those from Turbo and San Antero are more frequent in haplotypes originating from Mexico. Future studies should focus the understanding of these processes. Rev. Biol. Trop. 66(1): 122-135. Epub 2018 March 01.


Resumen El jurelCaranx hipposes considerado una de las principales especies objeto de la pesquería artesanal en aguas colombianas; sin embargo, es poco lo que se conoce respecto a su estructura poblacional. El presente estudio propuso evaluar la variación y estructura genética en el Caribe colombiano a partir del análisis de la región control y la subunidad citocromo oxidasa I (COI) del ADN mitocondrial. Secuenciamos el ADN de 153 muestras de músculo recolectadas de ejemplares desembarcados en seis puertos pesqueros. Los resultados mostraron 21 haplotipos para COI y 116 haplotipos para la región control, distribuidos en dos linajes que no presentan un patrón de distribución geográfica. Para la región control la diversidad genética fue alta (Hd=0.99 y π = 0.1), mientras que para COI los resultados fueron Hd=0.68 y π =0.01, esto mostró que probablemente C. hipos pasó por un evento que provocó la disminución drástica de la población y posteriormente tuvo un crecimiento rápido. Las estimaciones del grado de estructuración genética fueron bajas y poco significativas indicando la ausencia de diferenciación entre las muestras recolectadas a partir de un aislamiento geográfico, esto sugiere que la población de C. hipos es panmictica; sin embargo, se hallaron variaciones a nivel intrapoblacional especialmente en La Guajira, Turbo y San Antero, los cuales al ser comparados con los haplotipos incluidos de Brasil y México se encontró que el único haplotipo hallado en La Guajira está alineado con el de Brasil, facilitado probablemente por la corriente del Caribe, mientras que los de Turbo y San Antero con los de México.

8.
BAG, J. basic appl. genet. (Online) ; 28(2): 43-55, dic. 2017. graf, tab
Article in Spanish | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1089034

ABSTRACT

Los ovinos criollos son los fundadores de la ganadería ovina en la Argentina y han contribuido de manera sostenida al desarrollo económico, social y cultural de algunas regiones del país. A pesar de ello, es un recurso zoogenético escasamente valorizado y por ende poco estudiado. En orden de caracterizar genéticamente a los ovinos criollos argentinos, se tomaron muestras de ADN de cuatro poblaciones representativas localizadas en las provincias de Buenos Aires, Corrientes, Santiago del Estero y Salta. Estas majadas se seleccionaron por ser grupos conservados, que presentan las características fenotípicas de la raza y no registran la introducción de animales de otras razas en el sistema de reproducción. Un total de 30 marcadores microsatélites y la región D-loop del ADN mitocondrial fueron analizados. El análisis de los microsatélites permitió evidenciar una alta diversidad genética intrapoblacional (Ho= 0,676; He= 0,685; PIC= 0,713). Dicha variabilidad es explicada por diferencias entre los patrones moleculares de los individuos estudiados que pueden clasificarse en 3 grupos de poblaciones significativamente diferentes: BA, SA, SE+CO. Dado que dichas poblaciones explican muy poco de la variabilidad total (7,6%), ellas deberían considerarse perteneciente a una misma raza. El análisis del D-loop mitocondrial demostró que los individuos analizados están relacionados con el haplogrupo asiático, el cual está ampliamente distribuido en las razas españolas que son las antecesoras de la raza criolla argentina. Los resultados obtenidos en este trabajo proveerán información para establecer criterios de manejo de este recurso genético de Argentina con el fin de implementar planes de conservación, recuperación y/o mejora de los programas.


Creole sheep are the founders of sheep farming in Argentina and have contributed in a sustained way to the economic, social and cultural development of some regions of this country. However, it is a scarcely valorised and poorly studied genetic resource. In order to genetically characterize the Argentinian Creole sheep, DNA samples were taken from four representative populations located in the provinces of Buenos Aires, Corrientes, Santiago del Estero and Salta. These flocks were selected because they are considered to be conserved groups, they have the phenotypic characteristics of the creole breed and there are no records about the introduction of animals of other breeds into those systems. A total of 30 microsatellites and the D-loop region of mitochondrial DNA were analysed. Microsatellite analysis showed high level of genetic diversity within populations (Ho= 0.676; He= 0.685; PIC= 0.713). This variability is explained by differences between molecular patterns of the studied individuals, which can be classified into three significantly different population groups: BA, SA, SE+CO. Since these populations explain very little of the total variability (7.6%), it can be considered that they belong to a same race. The analysis of the mitochondrial D-loop showed that Argentinian Creole sheep have haplotypes belonging to the Asian haplogroup, which is widely distributed in the Spanish breeds, which are considered to be their ancestors. The results obtained in the present study will provide information to develop management criteria for this genetic resource in Argentina, in order to implement their conservation, recovery and/or to develop breeding programs.

9.
Biomédica (Bogotá) ; 37(4): 548-560, oct.-dic. 2017. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-888499

ABSTRACT

Resumen Introducción. El ADN antiguo que se extrae de los restos óseos humanos permite analizar la composición genética de las poblaciones precolombinas y determinar las dinámicas poblacionales que dieron origen a la diversidad de las poblaciones contemporáneas. Objetivo. Determinar la diversidad genética y la relación con otras comunidades contemporáneas y antiguas de América, de los restos óseos asociados al Templo del Sol en Sogamoso, Colombia. Materiales y métodos. Se analizaron 13 individuos pertenecientes al periodo precolombino muisca (siglos IX-XVI d. C.), provenientes de los alrededores del Templo del Sol en Sogamoso, Boyacá, Andes orientales colombianos. Se amplificó el ADN mitocondrial (ADNmt) y se determinaron los polimorfismos de la longitud de los fragmentos de restricción (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP) para los cuatro haplogrupos amerindios (A, B, C y D). Además, se amplificaron y analizaron los marcadores autosómicos, incluida la amelogenina, y los marcadores de los polimorfismos de repeticiones cortas en tándem (Short Tandem Repeat, STR) del cromosoma Y. Resultados. El haplogrupo A fue el linaje mitocondrial más frecuente en esta población, seguido de los haplogrupos B y C; no se detectó el haplogrupo D. Los análisis de variación genética indicaron una diversidad semejante a la de las poblaciones pertenecientes a la familia lingüística chibcha, contemporánea en Colombia y Centroamérica. Se logró hacer la determinación molecular del sexo de los individuos estudiados y compararla con los datos osteológicos. Con una sola excepción, los datos bioantropológicos y moleculares concordaron. Conclusiones. Estos resultados aportan nuevos elementos a la hipótesis del origen centroamericano de los grupos chibchas del altiplano cundiboyacense con base en marcadores genéticos, y permitieron establecer el sexo y las relaciones de parentesco.


Abstract Introduction: DNA extracted from ancient human bones allows to analyze the genetic makeup of preColumbian populations and to determine the dynamics that gave rise to the diversity of contemporary populations. Objective: To determine the genetic diversity of skeletal remains associated with the Templo del Sol (Sun Temple) and their relationship with other contemporary and ancient communities of America. Materials and methods: We analyzed 13 individuals belonging to the pre-Columbian Muisca Period (IX-XVI centuries AD) from the vicinities of the Templo del Sol (Sun Temple) (Sogamoso, Boyacá) in the eastern Colombian Andes. Mitochondrial DNA was amplified and RFLPs were performed in order to type the four traditional Amerindian haplogroups (A, B, C and D). In addition, autosomal markers including amelogenin and Y-chromosome STRs were amplified. Results: Among the observed mitochondrial lineages, haplogroup A was the most frequent, followed by haplogroups B and C; no evidence of haplogroup D was found. The genetic variation analysis indicated a similar diversity of pre-Columbian Muiscas to that of contemporary populations belonging to the Chibcha linguistic family from Colombia and Central America. Molecular sexing was accomplished and it was compared to osteological data. With only one exception, anthropological and molecular data were consistent. Conclusions: Our results contribute new genetic elements supporting the hypothesis of Central American origin of the Chibcha groups of the Cundiboyacense plateau, and allowed sex typing and kinship evaluations.


Subject(s)
Female , History, Ancient , History, Medieval , Humans , Male , Genetic Variation , DNA, Mitochondrial/genetics , Indians, South American/genetics , Phylogeny , Bone and Bones/chemistry , Haplotypes , Polymorphism, Restriction Fragment Length , Indians, South American/history , Genetic Markers , Sequence Analysis, DNA , Colombia , Chromosomes, Human, Y/genetics , Amelogenin/genetics
10.
Biomédica (Bogotá) ; 37(supl.2): 143-154, jul.-set. 2017. tab, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-888533

ABSTRACT

Abstract Introduction: Mitochondrial DNA has proven its utility for the study of insect evolution. Genes such as cytochrome b (Cytb) and the transfer gene for serine (SertRNA) can be used to compare closely related organisms. Objective: The phylogenetic utility of Cytb-SertRNA-IG1-ND1 was tested for polymorphisms, and secondary structure modeling in SertRNA was done to detect possible cryptic species in Anopheles neivai. Materials and methods: Specimens from Colombia, Guatemala, and the type locality in Panamá were collected and sequenced for specimen comparison based on DNA polymorphisms, and secondary structure modeling for the SertRNA gene. Results: Thirty-six sequences for A. neivai and A. pholidotus were obtained. Conclusions: Polymorphic variants were detected in A. neivai for Cytb-SertRNA-IG1- ND1. Despite this variation in A. neivai, cryptic species could not be detected.


Resumen Introducción. El ADN mitocondrial ha demostrado su utilidad para el estudio de la evolución en los insectos. Existen algunos genes mitocondriales como el citocromo b (Cytb) y el gen de transferencia para el aminoácido serina (SertRNA) que pueden usarse en el diagnóstico de especies estrechamente relacionadas. Objetivo. Explorar la utilidad filogenética de la región Cytb-SertRNA-IG1-ND1 para detectar posibles especies crípticas en Anopheles neivai. Materiales y métodos. Se recolectaron especímenes en Colombia, Guatemala y en la localidad tipo en Panamá, los cuales se secuenciaron y se compararon mediante el polimorfismo de ADN en toda la región y mediante la simulación de estructuras secundarias del gen SertRNA. Resultados. Se obtuvieron las secuencias de especímenes de A. neivai (34) y A. pholidotus (2). Conclusiones. Se detectaron algunos polimorfismos para la regiónCytb-SertRNA-IG1-ND1 en A. neivai, pero no así especies crípticas.


Subject(s)
Animals , DNA, Mitochondrial/genetics , Anopheles/genetics , Panama , Phylogeny , Polymorphism, Genetic , Species Specificity , DNA/analysis , DNA/genetics , RNA, Transfer, Ser/genetics , Genes, Insect , Colombia , Insect Proteins/genetics , Cytochromes b/genetics , Guatemala , Anopheles/classification , Nucleic Acid Conformation
11.
Rev. MVZ Córdoba ; 21(3): 5547-5557, Dec. 2016. tab, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-957319

ABSTRACT

ABSTRACT Objective . To estimate the genetic diversity of the Anadara tuberculosa en five mangrove swams of Tumaco, Nariño, Colombia using as a mitocondrial molecular marker the cytochromo oxidase sub-unit I (COI). Materials and methods. A total of 50 individuals were collected from the San Jorge, La Tiburonera, El Pajal, La Playa y Bajito Vaquería mangrove swamps, randomly selecting 10 specimens of each zone. The tissue sample was worked with absolute alcohol at ambient temperature in microtubes. DNA was extracted, and the mitocondrial DNA was amplified using the PCR technique (polymerase chain reaction). The amplified and quantified products of PCR were sequenced on both sides (Macrogen). Each one of the obtained sequences was edited and aligned. Later, the parameters of genetic diversity (haplotypical and nucleotidical) were measured, and the analysis of distribution between frequency pairs (Mistmach distribution) was elaborated. Finally, the analysis of nucleotidic variation and population structure (AMOVA) was completed. Results. The amplified product gene weighed 710 bp. The haplotypical diversity reported for all the populations was high (0.683±0.060) and the reported nucleotídical diversity was low for all the populations (0.040±0.020). The AMOVA results indicate that the variance amongst populations is low (4.20%) and that the variance within populations is high (95.80%). Conclusions. The studied populations are not structured and although there is a decrease of natural banks, the genetic diversity is high.


RESUMEN Objetivo . Estimar la diversidad genética de Anadara tuberculosa en cinco manglares de Tumaco Nariño, Colombia utilizando como marcador molecular mitocondrial la subunidad I de la citocromo oxidasa (COI). Materiales y métodos. Se colectaron en total 50 individuos de los manglares San Jorge, La Tiburonera, El Pajal, La Playa y Bajito Vaquería, tomando 10 ejemplares al azar de cada zona. La muestra de tejido se fijó con alcohol absoluto a temperatura ambiente en microtubos. Se extrajo y amplificó el ADN mitocondrial mediante la técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction). Los productos de PCR amplificados y cuantificados se secuenciaron por ambos lados (Macrogen). Una vez se obtuvo las secuencias, se editó y alineo cada secuencia. Posteriormente, se midió los parámetros de diversidad genética (haplotípica y nucleotídica) y se elaboró el análisis de distribución entre pares de frecuencias (Mistmach distribution). Finalmente se efectuó el análisis de variación nucleotídica y la estructura poblacional (AMOVA). Resultados. El gen amplificado tuvo una longitud de 710 pb. La diversidad haplotípica reportada para todas las poblaciones fue alta (0.683±0.060) y la diversidad nucleotídica reportada fue baja para todas las poblaciones (0.040±0.020). Los resultados del AMOVA indican que la varianza entre poblaciones es baja (4.20%) y la varianza dentro de las poblaciones es alta (95.80%). Conclusiones. Las poblaciones estudiadas no se encuentran estructuradas y a pesar de la disminución de los bancos naturales de las poblaciones de Anadara tuberculosa, se estima que la diversidad genética es alta.

12.
Biomédica (Bogotá) ; 36(3)sept. 2016.
Article in Spanish | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1533863

ABSTRACT

Introducción. A diferencia de otro tipo de investigaciones, el análisis de ADN antiguo (ADNa) requiere la implementación de condiciones metodológicas y de infraestructura especializadas que garanticen la autenticidad de los resultados. Uno de los criterios de autenticidad para este tipo de muestras es la cuantificación del material genético, en la cual es común el uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) cuantitativa en tiempo real, por su sensibilidad y especificidad. La implementación de estas metodologías y de las condiciones necesarias para el cumplimiento de los requisitos de autenticidad hace que este tipo de investigación sea dispendioso y costoso. Objetivo. Generar una estrategia de cuantificación del ADN mitocondrial de muestras seriamente degradadas mediante un sistema sencillo y de fácil implementación. Materiales y métodos. El sistema se basa en el uso de iniciadores que posibilitan la amplificación específica de fragmentos cortos del ADN mitocondrial. La posterior purificación de este fragmento permite generar una curva estándar con concentraciones acordes al estado de degradación de la muestra. Resultados. Se detectó ADN antiguo proveniente de restos óseos y tejidos momificados de diferentes fechas. Además, el sistema permitió detectar la presencia de agentes inhibidores del ADN. Conclusión. La implementación de la estrategia aquí planteada es sencilla, puede reducir los costos de la investigación y, además, permite la detección de ADNa en muestras muy degradadas, así como la discriminación entre las muestras que no poseen material genético y aquellas que presentan agentes inhibidores.


Introduction: Unlike other molecular biology studies, the analysis of ancient DNA (aDNA) requires special infrastructure and methodological conditions to guarantee the quality of the results. One of the main authenticity criteria is DNA quantification, where quantitative real-time PCR is often used given its sensitivity and specificity. Nevertheless, the implementation of these conditions and methodologies to fulfill authenticity criteria imply higher costs. Objective: To develop a simple and less costly method for mitochondrial DNA quantification suitable for highly degraded samples. Materials and methods: The proposed method is based on the use of mini-primers for the specific amplification of short fragments of mitochondrial DNA. The subsequent purification of these amplified fragments allows a standard curve to be constructed with concentrations in accordance to the state of degradation of the samples. Results: The proposed method successfully detected DNA from ancient samples including bone remains and mummified tissue. DNA inhibitory substances were also detected. Conclusion: The proposed method represents a simpler and cost-effective way to detect low amounts of aDNA, and a tool to differentiate DNA-free samples from samples with inhibitory substances.

13.
Biomédica (Bogotá) ; 36(2): 295-302, jun. 2016. graf, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1038785

ABSTRACT

Introducción. En las últimas décadas, el análisis de los genes mitocondriales se ha utilizado en los estudios poblacionales y filogenéticos de garrapatas, lo cual ha permitido numerosos avances en la sistemática de estos ácaros. El gen mitocondrial de la subunidad 16S del ARN ribosómico ( 16S ) es uno de los más usados, mientras que el gen mitocondrial de la citocromo oxidasa 1 ( COX1 ) se ha empleado recientemente y se propone como un marcador genético alternativo frente al 16S . Objetivo. Evaluar la utilidad de los genes 16S y COX1 en los estudios genéticos de las garrapatas mediante el análisis de secuencias en tres especies de la región Caribe de Colombia. Resultados. El análisis de secuencias mostró que los dos genes permitieron identificar las tres especies con mucha confiabilidad y con niveles de divergencia genética interespecífica relativamente similares (19 a 22 %), aunque solo el gen COX1 permitió detectar la variabilidad genética intraespecífica (hasta de ˜0,8 %). El análisis de saturación de sustituciones indicó que el gen 16S no se saturó con transiciones, mientras que el COX1 mostró saturación a partir de distancias de ˜17 %. Conclusión. Los resultados indicaron que el gen 16S parece tener mejores características para los análisis filogenéticos interespecíficos dada su alta divergencia genética y baja saturación de transiciones, mientras que el gen COX1 parece ser más útil para estudios de variabilidad genética intraespecífica. Sin embargo, dado que el estudio se hizo a escala local, se requieren más investigaciones en diferentes escalas biogeográficas para establecer su utilidad en circunstancias más amplias y complejas.


Introduction: In recent decades the analysis of mitochondrial genes has been used for population and phylogenetic studies of ticks allowing many advances in their systematics. Mitochondrial ribosomal 16S ( 16S ) subunit is one of the most frequently used among those genes available for tick analysis, whereas cytochrome oxidase gene 1 ( COX1 ) has recently been used and proposed as an alternative to the traditional 16S gene marker. Objective: To evaluate the usefulness of 16S and COX1 in genetic studies of ticks by analyzing sequences of three species commonly found in the Caribbean region of Colombia. Results: The analysis of both genes sequences allowed us to identify the three species with high levels of confidence and interspecific genetic divergence (19-22%), although only COX1 allowed us to detect intraspecific genetic variability (up to ˜0.8%). A substitution saturation analysis indicated that the 16S gene was not saturated with transitions while the COX1 gene showed saturation distances starting at ˜17%. Conclusion: Our results indicated that the 16S gene seems to have better features for interspecific phylogenetic analyses because of its high level of genetic divergence and low saturation pattern, while the COX1 gene appears to be more useful for intraspecific genetic variability studies. However, as our study was conducted at a local scale, future studies at different biogeographical scales would help to establish its usefulness in wider and more complex scenarios.


Subject(s)
Animals , DNA, Mitochondrial/genetics , RNA, Ribosomal, 16S/genetics , Electron Transport Complex IV/genetics , Phylogeny , Ticks , Genetic Testing , Sequence Analysis, DNA , Caribbean Region , Ixodidae
14.
Rev. biol. trop ; 63(4)Oct.-Dec. 2015.
Article in English | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1507447

ABSTRACT

Tupinambis teguixin, the common tegu, is the only species of the genus found in Venezuela. It is distributed in different bioregions in the Neotropics, some of them separated by geographic barriers that may restrict gene flow among populations. Thus, to assess this possibility, we tested the Paleogeographic hypothesis and the Riverine hypothesis for the divergence among populations. To this end, we evaluated the degree of genetic structuring in six populations of T. teguixin from Venezuela, plus one from Brazil and one from Ecuador. We used two molecular datasets, one with the populations from Venezuela (Venezuela dataset, 1 023 bp) and one including the other two (South America dataset, 665 bp), with 93 and 102 concatenated sequences from cytochrome b and ND4, and 38/37 haplotypes. We used three measures of genetic diversity: nucleotide diversity, haplotype diversity and number of polymorphic sites. Gene flow was estimated with the statistic

Tupinambis teguixin es la única especie registrada para Venezuela. Este teido se encuentra distribuido en diferentes bioregiones del Neotrópico, en algunos casos separadas por barreras geográficas que pueden estar restringiendo el flujo genético entre sus poblaciones. Para evaluar esta posibilidad, pusimos a prueba las Hipótesis Paleogeográfica y la Rivereña. Para ello evaluamos el grado de estructuración genética de seis poblaciones de T. teguixin de Venezuela, una de Brasil y una de Ecuador. Utilizamos dos bases de datos moleculares, una con las poblaciones de Venezuela (Base de datos Venezuela, 1 023 pb) y la segunda incluyendo las otras dos poblaciones (Base de datos Suramérica, 665 pb), con 93 y 102 secuencias concatenadas de citocromo b y ND4, y 38/37 haploti-pos. En cuanto a la metodología, utilizamos tres medidas de diversidad genética: diversidad nucleotídica, diversidad haplotípica y número de sitios polimórficos. Estimamos el flujo genético mediante el estadístico P ST y los valores de F ST pareados. También construimos redes de haplotipos. Los resultados evidencian estructura poblacional, encontrándose (1) un P ST global de 0.83, (2) F ST pareados altos (0.54-0.94), (3) redes de haplotipos con un patrón geográfico definido, cada población con sus haplotipos agrupados (menos Delta), Zulia y Ecuador con redes separadas, y (4) un solo haplotipo compartido entre las poblaciones. Los análisis muestran que la estructura no es producto de la distancia geográfica entre las poblaciones (r = 0.282, p = 0.209), sino un efecto histórico biogeográfico de la Cordillera de Mérida y del río Orinoco (71.19 % variación molecular), como barreras geográficas. Consideramos la población del Zulia una unidad evolutiva significativa y proponemos que las otras poblaciones temporalmente sean consideradas unidades de manejo, hasta tanto se tenga más información. Las poblaciones del Delta y Guri conformarán una sola unidad de manejo por compartir un haplotipo.

15.
Rev. Asoc. Méd. Argent ; 128(3): 29-33, sept. 2015.
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-835476

ABSTRACT

Las mitocondrias son las organelas intracelulares encargadas de suministrar la mayor parte de la energía necesaria para la actividad celular. Actúan, por lo tanto, como centrales energéticas de la célula y sintetizan ATP a expensas de los sustratos metabólicos. La intoxicación con ácido cianhídrico inhibe estos mecanismos y las alteraciones en el funcionamiento del metabolismo mitocondrial de origen genético o congénito producen innumerables patologías. El conocimiento de las patologías y disfunción de las mitocondrias es de importancia para realizar correctamente el diagnóstico de las causas de muerte. El ADN mitocondrial es de suma importancia en la medicina legal y forense para la identificación de las personas.


Mitochondria are organelles in the cell cytoplasm which supply most of the energy needed for cellular activity. They behave as cell’s power plants and synthesize ATP using metabolic substrates. Intoxication with Hydrocyanic Acid inhibits the synthesis of ATP, generating alterations in the mitochondrial metabolism, either genetic or congenital. The consequences of those alterations are innumerables pathologies. Understanding the pathologies and malfunctions of mitochondria help us to make the right diagnostic about the cause of death. In forensic medicine, mitochondrial DNA is of paramount relevance to people identification.


Subject(s)
Humans , DNA, Mitochondrial/analysis , Forensic Anthropology , Forensic Medicine , Mitochondrial Diseases/diagnosis , Mitochondrial Diseases/genetics
16.
CCH, Correo cient. Holguín ; 19(3): 483-496, jul.-set. 2015.
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-760126

ABSTRACT

Las enfermedades mitocondriales son un grupo de patologías multisistémicas heterogéneas en las cuales la presentación clínica; genética, bioquímica, e histopatológica muestran una disfunción mitocondrial. Las alteraciones pueden depender del ADN mitocondrial, de alteraciones del ADN nuclear o de alteraciones en la comunicación de los genomas mitocondriales y nucleares. Su diagnóstico requiere del reconocimiento previo de la presentación clínica y se apoya fundamentalmente en la biopsia de músculo y los estudios moleculares para buscar las mutaciones en el ADN mitocondrial. Las enfermedades mitocondriales constituyen un reto para los médicos. Las mitocondrias poseen su propio ADN y al producirse un daño de este, se originan las enfermedades mitocondriales, relacionadas con la génesis del Alzheimer, el Parkinson y la diabetes mellitus. Un conocimiento actualizado sobre estas afecciones posibilita un mejor diagnóstico y manejo de estos pacientes, por ello se realizó una revisión del estado actual del tema en la literatura mundial.


Mitochondrial diseases are a group of heterogeneous multisystem diseases in which the clinical presentation; genetic, biochemical, and histopathological show mitochondrial dysfunction. The disorders may depend on the proper mitochondrial DNA, nuclear DNA disorders or changes in communication mitochondrial and nuclear genomes. Its diagnosis requires the prior recognition of the clinical presentation and relies primarily on muscle biopsy and molecular studies to look for mutations in mitochondrial DNA. Mitochondrial diseases are a challenge for physicians. Mitochondria have their own DNA and damage this occurs, mitochondrial diseases related to the genesis of Alzheimer's, Parkinson's and diabetes mellitus. An updated knowledge of these diseases allows better diagnosis and management of these patients that is why a literature review of the current status of the topic was performed.

17.
Acta biol. colomb ; 20(1): 117-127, ene.-abr. 2015. ilus, tab
Article in English | LILACS | ID: lil-734922

ABSTRACT

The tiger shrimp (Penaeus monodon) is an Indo-Pacific species. Its global production between 1970 and 1980 exceeded all other shrimp species, which favored its introduction and cultivation outside its natural range in several countries of Africa, Europe, USA and South America. It is currently found in the coast of the Atlantic Ocean (Mexico, United States, Puerto Rico, Brazil, Guyana, Venezuela and Colombia). Despite the risk involved, no studies have been conducted to evaluate their impact as a possible invasive species and their genetic condition. This study evaluated the genetic status and population origin of P. monodon in the northernmost Colombian Caribbean, analyzing the mitochondrial DNA control region (mtDNA-CR). 16 individuals were randomly collected from Golfo de Salamanca and 342 original Indo-Pacific sequences were obtained from GenBank. Parameters of genetic diversity and genetic relationships were analyzed. These results were a total of 358 sequences compared and 303 haplotypes identified. Three haplotypes were identified in the Colombian population. This results showed lower genetic diversity compared with Indo-Pacific populations. These haplotypes were closely related to those found in samples from the Philippines and Taiwan. We discuss the need to create a regional network to characterize the established populations in the Great Caribbean, with the purpose of inferring colonization processes and the establishment of management measures.


El camarón tigre (Penaeus monodon) es una especie del Indo-Pacífico. Su producción mundial entre 1970 y 1980 superó todas las otras especies de camarón, lo que favoreció su introducción y cultivo fuera del área de distribución natural en varios países de África, Europa, EE.UU. y América del Sur. Actualmente se encuentra en la costa del Océano Atlántico (México, Estados Unidos, Puerto Rico, Brasil, Guyana, Venezuela y Colombia). A pesar del riesgo que implica, no se han realizado estudios para evaluar su impacto como posible especie invasora y su condición genética. Este estudio evaluó el estado genético y el origen de la población de P. monodon en el norte del Caribe colombiano, analizando la región control del ADN mitocondrial (ADNmt-CR). 16 individuos fueron recolectados al azar del Golfo de Salamanca y 342 secuencias originales de muestras del Indo- Pacífico fueron obtenidas de GenBank. Se analizaron los parámetros de diversidad genética y las relaciones genéticas. Se analizaron un total de 358 secuencias y se identificaron 303 haplotipos. En la población de Colombia se identificaron tres haplotipos, mostrando una baja diversidad genética en comparación con las poblaciones del Indo-Pacífico. Estos haplotipos se encontraron cercanamente relacionados con secuencias obtenidas de muestras de Filipinas y Taiwán, principalmente. Se discute la necesidad de crear una red regional para caracterizar las poblaciones establecidas en el Gran Caribe, con el propósito de inferir los procesos de colonización y el establecimiento de medidas de manejo.

18.
Iatreia ; 27(2): 165-176, Apr.-June 2014. ilus, tab
Article in Spanish | LILACS, COLNAL | ID: lil-712467

ABSTRACT

La alergia es una reacción de hipersensibilidad iniciada por mecanismos inmunológicos y mediada por anticuerpos o células; se desencadena en individuos previamente sensibilizados a un alérgeno. En la mayoría de los casos, el anticuerpo responsable de la reacción alérgica es la inmunoglobulina E (IgE). Según la naturaleza y el mecanismo de entrada del alérgeno se producirá la IgE específica; en las alergias se afectan determinados órganos y tejidos con producción de sintomatologías específicas. Uno de los mecanismos que los eosinófilos utilizan durante la fase de respuesta de las alergias son sus trampas extracelulares (EET), que han sido poco estudiadas en cuanto a su inducción, regulación y función. Hasta el momento se conoce la presencia de dichas trampas en procesos inflamatorios intestinales, enfermedades autoinmunes y múltiples procesos infecciosos, pero se han hecho pocas investigaciones sobre su implicación en las enfermedades alérgicas. Este es un artículo de revisión sobre la estructura de las EET, las moléculas involucradas en su formación y la posible función que desempeñan en la patogénesis de las alergias. Además, se revisan los principales aspectos de los procesos celulares y moleculares involucrados en la inmunopatogénesis de las alergias y los aspectos centrales de la estructura, composición y funcionamiento de los eosinófilos.


Allergy is a hypersensitivity reaction initiated by specific immunologic mechanisms. It can be mediated by antibodies or cells, developed in individuals previously sensitized by an allergen. In most cases, the antibody responsible for the allergic reaction is immunoglobulin E (IgE). Depending on the nature and mechanism of entry of the allergen, it will bring about the production of specific IgE affecting certain organs and tissues with specific symptoms. Eosinophil extracellular DNA traps or EETs are one of the mechanisms used by eosinophils been well studied in terms of their induction, regulation and function. EETs have been detected in inflammatory intestinal processes, autoimmune diseases and multiple infectious diseases, but few investigations have been made about their involvement in allergic diseases. This is a review about the structure of EETs, the molecules involved in their formation, and their possible role in the pathogenesis of allergies. Furthermore, the main aspects of cellular and molecular processes involved in the immunopathogenesis of allergies, and the central aspects of the structure, composition and functioning of eosinophils are reviewed.


Subject(s)
Humans , DNA , Eosinophils , Extracellular Traps , Hypersensitivity , Immune System Diseases
19.
Biomédica (Bogotá) ; 33(supl.1): 89-98, set. 2013. ilus, graf, mapas, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-695800

ABSTRACT

Introducción. Aedes aegypti es el principal vector del dengue en zonas urbanas. A pesar de su importancia epidemiológica, se desconoce la variabilidad genética de las poblaciones del vector en Colombia. Objetivo. Determinar la variabilidad genética del gen mitocondrial ND4 , que codifica para la subunidad 4 de la enzima NADH-deshidrogenasa, entre poblaciones de Ae. aegypti de los municipios de Sincelejo y Guaranda, donde se registra alta y baja incidencia de dengue, respectivamente. Materiales y métodos. A partir del material genético extraído de 36 hembras de Ae. aegypti , se determinó la secuencia parcial del gen mitocondrial ND4 y se estimaron los parámetros de diversidad de nucleótidos, diversidad haplotípica, estructura genética y flujo de genes entre las poblaciones de Sincelejo y Guaranda. También, se analizó la varianza molecular y se construyó una red haplotípica. Resultados. Se obtuvieron 36 secuencias de nucleótidos de 282 pb; éstas presentaron doce sitios polimórficos y se agruparon en diez haplotipos, dos presentes en ambas poblaciones, tres exclusivos de la población de Sincelejo y cinco de la población de Guaranda. Los estimadores de estructura genética ( F ST =0,15) y de flujo de genes ( Nm =1,40) evidencian diferenciación genética y un limitado intercambio de genes entre las poblaciones. Conclusión. Las poblaciones de Ae. aegypti de Sincelejo y Guaranda son genéticamente divergentes.


Introduction: Aedes aegypti is the principal vector of dengue in urban areas. Despite its epidemiological importance, the genetic variability of Colombian populations of this species is unknown. Objetive: To determine the genetic variability of mitocondrial gene ND4, which codes for subunit 4 of the enzyme NADH deshydrogenase, between populations of Ae. aegypti from municipalities of Sincelejo and Guaranda. The incidences of dengue reported from these two localities are high and low, respectively. Materials and methods: Genetic material extracted from 36 females of Ae. aegypti was used to determine the partial sequence of the mitocondrial gene ND4 as well as to estimate the parameters of nucleotidic and haplotypic diversities, genetic structure and gene flow between the Sincelejo and Guaranda populations. The molecular variance was also analysed and a haplotypic network constructed. Results: In all 36 nucleotide sequences of 282pb were obtained. These presented 12 polymorphic sites and could grouped into 10 haplotypes, two of them present in both populations, three exclusive to the Sincelejo population and five to that of Guaranda. The estimators of genetic structure ( F ST = 0.15) and gene flow ( Nm = 1.40) are both indicative of genetic differentiation and a limited exchange of genes between the populations. Conclusions: The Sincelejo and Guaranda populations of Ae. aegypti are genetically divergent.


Subject(s)
Animals , Female , Aedes/genetics , Dengue/epidemiology , Insect Vectors/genetics , Aedes/classification , Colombia/epidemiology , DNA, Mitochondrial/genetics , Dengue/transmission , Ecosystem , Gene Transfer, Horizontal , Genes, Insect , Genetic Variation , Haplotypes , Incidence , Insect Proteins/genetics , NADH Dehydrogenase/genetics , Polymorphism, Genetic , Sequence Analysis, DNA , Species Specificity , Urban Health
20.
Rev. peru. med. exp. salud publica ; 30(2): 246-250, abr.-jun. 2013. ilus, graf, tab
Article in Spanish | LILACS, LIPECS | ID: lil-680990

ABSTRACT

Con el objetivo de establecer la variabilidad genética de Aedes aegypti determinada por el análisis del gen mitocondrial ND4, se analizaron 51 especímenes de Ae. aegypti en once regiones endémicas para dengue en el Perú. La variabilidad genética se determinó mediante la amplificación y secuenciación de un fragmento de 336 pares de bases del gen mitocondrial ND4. El análisis de filogenia intraespecífica se realizó con el programa Network Ver. 4.6.10; y el análisis filogenético, con el método de distancia Neighbor Joining. Se identificó la presencia de cinco haplotipos de Ae. aegypti agrupados en dos linajes: el primero agrupa a los haplotipos 1, 3 y 5 y el segundo agrupa los haplotipos 2 y 4, se muestra además la distribución geográfica de cada uno de los haplotipos encontrados. Se concluye que esta variabilidad se debe tanto a la migración activa de este vector como a la migración pasiva mediada por la actividad humana.


In order to establish the genetic variability of Aedes aegypti determined by the analysis of the MT-ND4 gene, in eleven endemic regions for dengue in Peru, 51 samples of Ae. Aegypti were tested. The genetic variability was determined through the amplification and sequencing of a fragment of 336 base-pairs of MT ND4, the analysis of intra-specific phylogeny was conducted with the Network Ver. 4.6.10 program; and the phylogenetic analysis, with the Neighbor Joining distance method. The presence of five haplotypes of Ae. Aegypti grouped in two lineages was identified: the first one includes haplotypes 1, 3 and 5, and the second one comprises haplotypes 2 and 4. The geographic distribution of each of the haplotypes found is also shown. It is concluded that this variability is caused by the active migration of this vector and the human activity-mediated passive migration.


Subject(s)
Animals , Humans , Aedes/genetics , Genes, Mitochondrial/genetics , Genetic Variation , Cross-Sectional Studies , Dengue/epidemiology , Endemic Diseases , Peru/epidemiology
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